Během ničivých povodní v roce 2002 byl v Praze jednou z nejpostiženějších oblastí právě Karlín. Jeho nevýhodná poloha vůči řece Vltavě zanechala v téhle čtvrti ponuré obrazy vytopených domů a zničených ulic ještě na několik dalších měsíců. Voda, která na některých místech v Karlíně sahala až do výšky tří metrů, však podle odborníků této čtvrti paradoxně dosti pomohla. Díky ní se totiž započalo s přestavbami a z Karlína se následně stala prestižní čtvrť. Pohledy na věc se však různí a podle jiných názorů byly některé objekty nešetrně rekonstruovány a nebo dokonce zbytečně zbourány.
Mez lety 1903 až 1921 byl samostatným městem, nyní je součástí hlavního města Prahy a její osmé městské části. Z urbanistického hlediska se jedná o unikátní oblast s plochým horizontem, disponující systémem pravoúhle se křižujících ulic. Už od samotného počátku 21. století se v Karlíně poměrně intenzivně staví, přičemž nové objekty vyrostly zejména mezi Rohanským nábřežím a Vltavou. Co se týká starého jádra Karlínu, jedná se v drtivé většině o dostavby starých objektů továren nebo přestavby. Roku 2008 byl magistrátem pronajat a následně prodán Rohanský ostrov, kde má díky developerskému projektu vzniknout nová městská čtvrť, tvořená administrativním, obchodním i rezidenčním centrem.
Záhy po povodních nebyla situace nijak růžová. Majitelé některých domů a mnozí investoři využili povodní ke zbavení se dosavadních nájemníků a také se původně zamýšlelo zbourat ještě více domů, než se nakonec zbouralo, čemuž výrazně přispěl tlak ze strany památkářů a veřejnosti. Objekty z období pozdního klasicismu, mezi něž můžeme zařadit například klenuté průjezdy, vystavěné na písečných naplaveninách, na kterých v podstatě stojí celý Karlín, byly povodněmi výrazně poškozeny. Povodně roku 2002 pražskému Karlínu už s nenávratnou platností vzaly celkem 25 objektů.
Obnova fasád a obchodního parteru naštěstí netrvala nijak výrazně dlouho a Karlín tak neosiřel. Moderní zástavba se udržela v rozumných hranicích a většina objektů do celé čtvrti zapadá. Panorama Karlína nebylo narušeno a nové body naopak fungování téhle čtvrti jenom umocňují.
Zastavme se však také u odvrácené strany mince a pochybách o nutnosti některých rekonstrukcí a demolic. Za své totiž vzaly i některé historicky významné objekty a ne všechny přestavby jsou z památkového hlediska zdařilé. Například přeměnou CornLofts nebo Corso vznikla pouze jakási kulisa, změněná z původních pozoruhodných průmyslových objektů, takže výsledek je poněkud sporný. Ne příliš vhodně přestavěna byla totiž bývalá lisovna řepkového oleje, a to na současný moderní rezidenční komplex CornLofts Šaldova. Z původní průmyslové haly se dochovala pouze fasáda, čímž Praha přišla o materiální i kulturní hodnotu a nenávratně přetvořila jedinečné místo.
Dnes, víc jak 10 let od ničivých povodní a počátku přestaveb a demolic, se nedá říci, že by měl Karlín kancelářsko – rezidenční charakter, tak, jak původně zněly negativní prognózy. Karlín je v současné době směsicí bydlení, kancelářských budov, škol a dalších objektů. Nová výstavba s sebou přinesla také novou strukturu obyvatel. Původně byl Karlín dělnickou čtvrtí a bydlištěm nižších skupin lidí. Jeho současná tvář je však odlišná. Stává se bohatší oblastí, prestižní adresou s dražšími byty, které si mohou pořídit jen bohatší sorty obyvatel.
